Я тебя не совсем понял, но скажу по нескольким напралениям:
1. Если ты менял систему и пытаешся запустить прогу, которая была установлена под ранней версией виндов - то это бесполезно. Дело в том, что в Xp реестр строится по совершенно иному принципу, чем в предидущих версиях, и соответственно, при смене системы старый реестр стирается, а значит, стирается вся инфа об установленных файлах, а также Shared и Common files, куча dll-ек и пр. Работать ничего не будет, все надо переставлять и заново регить.
2. Если ты имеешь ввиду, что у тебя после перестановки перестали распаковываться дистрибутивы прог, то... хер знает, скачай новые. Я с таким не сталкивался, хотя у меня с системами происходило мясо, но ничего не портилось (мясо, это всмысле: сначала стояли 98, потом XP, потом 98 и Xp, потом ХР и 2000, потом опять 98 и ХР, не считая того, что ХР у меня слетали уже раз 15, потом сгорел начисто винчестер, слава богу, удалось восстановить, и ни разу ничего не бэдилось).

А! Вот что еще может быть:
У тебя могут конфликтовать версии виндовских инсталляторов. Это тебе надо порыться в системе, и найти, где ставиться последняя версия инсталлятора с update.microsoft.com
Ща помоему 4 версия, хотя может и нет
Тока я одного не понял в корень: а зачем тебе мастер переноса программ-то нужен был???

ЗУ. У меня Professional РУССКАЯ.