Широкое применение жестоких пыток, поощрение и вознаграждение доносчиков, материальная заинтересованность самой И. и папства, получавших огромные средства благодаря конфискации имущества осуждённых, сделали И. бичом католических стран. Приговорённых к смерти обычно передавали в руки светской власти для сожжения на костре (см. Аутодафе). В 16 в. И. стала одним из основных орудий контрреформации. В 1542 в Риме был учрежден верховный инквизиционный трибунал. Жертвами И. стали многие выдающиеся учёные, мыслители (Дж. Бруно, Дж. Ванини и др.). Особенно свирепствовала И. в Испании (где с конца 15 в. она была тесно связана с королевской властью). Только за 18 лет деятельности главного испанского инквизитора Торквемады (15 в.) было сожжено заживо более 10 тыс. чел. В 18 в. И. была упразднена в большинстве стран Западной Европы