Ну, в строгом смысле, терорист действует на территории легитимного государства в мирное время, а партизан - на окупированной врагом территории во время войны. Другой вопрос, что многие терриористы и в мирное время считают свою территорию "оккупированной", убеждены, что идет "война" и поэтому называют себя партизанами

То есть это должен быть строго юридический спор о терминах, но его обычно переводят в плоскость политической трактовки и спекуляций.

Вот скажем, для кого-то Путин - законно избранный Президент Российской Федерации, а для кого то (для Бабаныча например) он - "глава оккупационной американской власти".

Ну и конечно, то, что слово "партизан" носит положительный оттенок (это борец за правое дело), а "террорист" отрицательный (жесткий и беспринципный убийца ради политических целей) - тоже играет свою роль.

Как и слова "разведчик" (если наш) и "шпион" (если вражеский).