Смотря какой шум. Их много всяких. Чаще всего натуральный шум от микро или когда записывается жужяние компа при записи без усилка.
Действительно в Cool Edit всё можно отлично зачистить. Например Noise reduction`ом. Сначала выделяем несколько секунд (чем больше тем лучше) образца этого шума, затем идём в этот раздел и жмём Get Noise Profile from Selection. Прога анализирует шум, а затем по применению фильтра ко всему файлу убирает его без заметных слуху изменений качества. Вот.