-Цитата от AndySly 
сохраняю по дорожкам, открываю в кубе, а дорожки смещены по тактам, а кидаю обратно в фл, всё нормально?
Может ты одну дорожку сохранил в мп3, а другую в вав, например? И у тебя промежуток "тишины" в начале одной дорожки, поэтому и сбивается?
А если серьезно, у меня была подобная проблема с импортом дорожек в адоб аудишн, он делил бпм драм-лупов на два, например, а другие партии оставались такими же. Все от параметров сохранения зависит, наверно.