Михаил Васильевич Ломоносов
Критике подвергалась концепция о множестве миров и гелиоцентрическую систему мира.
В 1740 году, по инициативе М. Ломоносова, была издана книга Фонтенеля «Разговор о множестве миров». Священный синод признал книгу «противной вере и нравственности», книгу изъяли и уничтожили.
В 1743 году, по требованию цензуры, изъят изданный Академией наук астрономический календарь, в котором духовная цензура нашла сведения о планетах, «к соблазну народному склонные»].
В 1756 году была запрещена поэма Александра Поупа «Опыт о человеке», переведенная учеником Ломоносова под руководством последнего. « К печатанию оной книги Святейшему Синоду позволения дать было несходственно», ибо «издатель оныя книги ни из Священного писания, ни из содержимых в православной нашей церкви узаконений ничего не заимствуя, единственно все мнения на естественных и натуральных понятиях полагает, присовокупляя к тому и Коперникову систему, тако ж и мнения о множестве миров, священному писанию совсем несогласные. »
В 1757 году Синод потребовал «приостановить» научную деятельность Ломоносова, призвавшего «особливо не ругать наук в проповедях», придать сожжению его произведения, и отослать Ломоносова в Синод «для увещания и исправления». Требование Синода выполнено не было.
В 1764 году закрыт организованный Ломоносовым при Академии Наук научно-художественный журнал «Ежемесячные сочинения к пользе и увеселению служащие», в котором публиковались статьи по астрономии, «вере святой противные и с честными нравами несогласные».
Русское духовенство выступало с критикой гелиоцентрической системы мира вплоть до начала XX века. До 1815 года c одобрения цензуры издавалось школьное пособие «Разрушение коперниковской системы», в котором автор называл гелиоцентрическую систему «ложной системой философической» и «возмутительным мнением». Последним произведением, в котором критиковалась гелиоцентрическая система, стала вышедшая в 1914 году книга священника Иова Немцева «Круг земли неподвижен, а солнце ходит». Автор «опровергал» систему Коперника цитатами из Библии и творений отцов Церкви.

Эрнст Генрих Геккель
Русская православная церковь боролась с эволюционным учением с момента его появления.
В 1873 году был запрещён труд немецкого философа и естествоиспытателя Эрнеста Геккеля «Естественная история мироздания».
В 1879—1880 годах запрещена и сожжена книга Геккеля «История племенного развития организмов».
В 1890 году запрещена книга С. Альберта «Чарлз Дарвин и его учение».
В 1895 году за «материалистический характер» запретили книгу Ч. Дарвина «Происхождение человека и половой отбор».
В 1902 году сожжён весь тираж книги Геккеля «Мировые загадки», так как в книге «красной нитью проходила идея животного происхождения человека».

1866 году «за изложение самых крайних материалистических взглядов» был наложен арест на книгу выдающегося русского физиолога и мыслителя И. М. Сеченова «Рефлексы головного мозга». Автору запретили читать публичные лекции.
Петербургский митрополит Исидор попросил Синод сослать Сеченова «для смирения и исправления» в Соловецкий монастырь «за предерзостное душепагубное и вредоносное учение». Впоследствии арест на книгу был снят, но до 1894 года она числилась в списках книг, запрещённых для хранения в библиотеках.

В 1819 году были преданы земле все экспонаты анатомического кабинета Казанского университета, по причине того, что «мерзко и богопротивно» употреблять «создание и подобие творца человека на анатомические препараты».

Духовной цензурой уничтожались труды по истории религии, не соответствующие взглядам иерархов Церкви.
В марте 1879 года уничтожены все 580 экземпляров книги Георга Финлея «Византийская история с 716 по 1453 год», в которой найдены «мысли, направленные против некоторых учений православной церкви».
Также, в 1879 году, уничтожены 5000 экземпляров «Общедоступного календаря», изданного Академией Наук, из-за статьи о средневековой инквизиции.

При Екатерине II за «неудовлетворительные религиозные понятия» был запрещён ряд произведений Ж.-Ж. Руссо («Размышления о величии божьем, его промысле и человеке», «Исповедь» и др.), за «изложение опасной теории материализма» запрещены труды Дидро.
В 1830 году духовная цензура за наличие идей, «противных христианской нравственности, правительству и религии» запретила «Обеденные беседы» Гольбаха.
В 1860 году был запрещён труд выдающегося немецкого философа Фейербаха «История новой философии от Бэкона до Спинозы».
В 1868 году уничтожена книга Вольтера «Философия истории», в которой цензоры обнаружили «глумление над истинами и опровержение священного писания».
В 1871 году запрещена книга Гельвеция «О человеке, его духовных силах и воспитания» за «совершенно материалистический взгляд на воспитание».
В 1874 году по требованию Синода было полностью уничтожено российское издание книги Т. Гоббса «Левиафан, или о сущности, форме и власти государства»

Духовная цензура вплоть до конца XIX препятствовала развитию геологической науки. По словам Митрополита Филарета (канонизирован в 1994 году), научная геология опровергает библейскую космогонию и потому «не может быть терпима».
В 1850 году не допущена к печати статья В. Гутцейта «Об ископаемых Курской губернии», так как в ней «мироздание» объяснялось «по понятиям некоторых геологов, вовсе не согласных с космогонией Моисея».
В марте 1858 года, в связи действиями московского митрополита Филарета против разворачивающихся геологических работ, князь В. Ф. Одоевский обратился с письмом к обер-прокурору Синода Толстому: «Довольно уже Россия, потерпела бед и убытков от страшного гонения на геологию, по милости которого у нас нет насущного хлеба, то есть каменного угля…, тогда как все это гонение основано просто на незнании предмета».
После публикации Рулье в 1859 году в газете «Московские ведомости» лекций по геологии, автору запретили читать публичные лекции, потребовали переделать труд таким образом, чтобы геологические факты читатель сумел «согласить с первой главой книги бытия».
В 1866 году из библиотек ряда учебных заведений изъяты книги по геологии, признанные «вредными и нигилистическими».
В 1893 году изъята из распространения книга Г. H. Гетчинсона «Автобиография Земли, общедоступный очерк исторической геологии». Духовная цензура аргументировала свое решение тем, что автор не согласовал своих взглядов с церковным учением о сотворении мира, и поэтому книга «подрывает основы религии».