я не понимаю зачем ломать исправную систему и устанавливать посторонний pptp клиент когда в ubuntu есть встроенный... и тем более включать root, который не просто так там отключен

проще всего установить поддержку pptp вот так:
sudo apt-get install network-manager-pptp

или установить пакет network-manager-pptp из менеджера пакетов

опция pptp появится в настройках сети на иконке в правом верхнем углу, без всяких текстовых файлов

насчёт долгой загрузки, после того как у тебя долго грузится комп, введи команду
dmesg > ~/bootlog.txt && gedit ~/bootlog.txt
и вставь сюда то что увидишь в файле.. это логи ядра.. если в них ничего подозрительного нет, то ты намудрил что-то со своим колхозным vpn-клиентом и поломал систему автозапуска rc.d