папка автозагрузка никакой роли не играет, что в ней есть ярлыки что их нету. многие проги могут загружаться не имея там ярлыков
Lis a.k.a Li Mast скачай CCleaner, в нём открой сервис - автозагрузка и посмотри есть ли там всякие документы и прочее что не должно запускаться.