Flac - это обычный музыкальный lossless-формат. Т.е. он сжат без потерь качества, в отличии от мп3 формата.

В твоём случае в одном файле все песни сразу.

CUE - это файл "указатель" - он сообщает проигрывателю с какой секунды какая идёт песня.

Соответственно, тебе нужна программа для разрезания таких длинных файлов по меткам этого CUE-файла.
Например, я пользуюсь Medieval Cue Splitter простенькая прога. Кидаешь в неё этот куй и она оперативно всё разрезает . В принципе, подобных софта - море.