В XP:
<X>:\Documents and Settings\<User Name>\Application Data\Steinberg\Cubase

Хранит личные настройки, грувы, списоки загружаемых/игнорирующихся плагинов.
Если начисто, то её тоже удаляй, ибо кубейс много там после себя оставляет после деинсталяции.