Потому что конечный результат будет 44.1 (сиди диск, музыкальный стандарт), а при ресемлинге из 96 в 44.1 теряется качество. Это называется нечётный (некратный) ресэмплинг. Чтобы потерь в качестве не было нужно избегать нечётного ресэмплинга, то есть частота дискретизации должна быть кратной конечной. То есть если твой конечный продукт не DVD диск (где по стандарту 48 кГц), а сиди, то пиши либо 44.1 либо 88.2.

Вообще почитай где-нибудь про ресемплинг, чтобы вопросов не осталось.
Можешь даже эту тему прочитать, там про это, наряду с битностью, тоже вроде говорили.