Если вкратце, то 90% отличий Nuendo от Cubase лежит в области работы с видео, и со всем, что с этим связано.
Теперь можно повнимательнее приглядеться к мифам, что связаны с этими двумя продуктами:
Миф 1: Nuendo звучит значительно лучше Cubase, потому что она стоит намного дороже.
Миф 2: Nuendo больше подходит для редактирования аудио, а Cubase - для midi.
Надо, правда, признать, что поддержка формата 5.1 (и других) имеется только в Nuendo, поэтому если Вы работаете как раз в формате 5.1, то Ваш выбор очевиден.

А теперь самое интересное, ради чего, собственно, я и затеял весь этот сыр-бор. Для меня очевиден только один факт разницы между Cubase и Nuendo - это то, как они себя ведут при загрузке CPU, приближающейся или зашкаливающей за 100%. В этом случае Nuendo вешает компьютер намертво, компьютер перестает реагировать на любые Ваши действия. Ну или почти намертво, потому что, нажав, например, CTRL+S Вы все же минуты через 2-3 сохраните свой проект. Но работать хоть сколько-нибудь продуктивно при этом будет абсолютно невозможно.