Не совсем так. Дело в том, что данное указание Ленина, как и постановление о его отмене являются фальшивками. Опубликованы они были в книге В.Карпова "Генералиссимус", в которой вообще использовано достаточно внушительное количество различных исторических фальшивок.

"Прежде всего рассмотрим так называемое "Указание Ленина от 1 мая 1919 г. за № 13666/2" о "борьбе с попами и религией". Заметим для начала, что в практике партийно-государственного делопроизводства вообще никогда не существовало документов с названием "Указание". В частности, ВЦИК и Совнарком не издали ни одного документа с таким названием за все время своей деятельности. Существовали только постановления и декреты за подписями глав этих органов (см. сборники "Декреты советской власти"), при этом порядковых номеров таким документам не присваивалось. Однако же во всех публикациях "Указанию" сопутствует порядковый номер 13666/2, что подразумевает наличие многих тысяч "указаний" в государственном делопроизводстве. Весьма странно, что ни один из подобных документов не известен историкам, не выявлен в архивах, никогда не публиковался. Разумеется, подобный номер выдуман для того, чтобы искусственно ввести в него апокалипсическое "число зверя", придать бумаге ярко выраженный мистический характер, связать его с "сатанинской" стихией российского большевизма, которой якобы и положил предел мудрый "государственник" Сталин.

Но, увы, Ленин не подписал за всю свою партийно-государственную деятельность ни одного документа, который носил бы название "Указание", ни с тремя шестерками, ни без, в чем легко убедиться по его Полному собранию сочинений, "Биографической хронике", сборникам "Декреты советской власти". В Российском государственном архиве социально-политической истории хранится полный фонд документов Ленина. Многие десятилетия он целенаправленно формировался советским государством, в него включались тотально все ленинские документы. По свидетельству директора РГАСПИ К.М.Андерсона, все документы ленинского фонда рассекречены и доступны для исследователей, так как государственных тайн в них не содержится. "Указание Ленина от 1 мая 1919 г." в РГАСПИ отсутствует (как и все остальные "Указания"). Засекреченной остается только история болезни Ленина. Все документы Ленина в РГАСПИ каталогизированы строго по датам. Среди бумаг Ленина, относящихся к 1 мая 1919 г., нет антирелигиозных – это несколько подписанных им постановлений Малого СНК, и все они касаются мелких хозяйственных вопросов. Отсутствует "Указание Ленина от 1 мая 1919 г." и в Государственном архиве РФ, где хранятся фонды СНК и ВЦИК. Отрицательный отзыв о наличии этого "документа" дали в своих официальных письмах Центральный архив ФСБ России и Архив президента РФ. Итак, "Указание Ленина от 1 мая 1919 г." отсутствует во всех профильных по этой тематике государственных и ведомственных архивах России. Равным образом не существовало никакого секретного "решения ВЦИК и СНК" 1917–1919 гг. о необходимости "как можно быстрее покончить с попами и религией", во исполнение которого "Указание Ленина от 1 мая 1919 г." будто бы было выпущено. Не существует никаких "инструкций ВЧК–ОГПУ–НКВД" со ссылками на это «указание», нет никаких документов о его исполнении.

Кроме того, содержание мнимого "Указания Ленина от 1 мая 1919 г." прямо противоречит фактической стороне истории церковно-государственных отношений 1918 – начала 1920-х гг.

Документы СНК РСФСР свидетельствуют, что в 1919 и 1920 гг. и в начале 1920-х гг. по распоряжению Наркомата юстиции РСФСР отдельные церкви неоднократно передавались в распоряжение общин верующих, а решения местных властей об их закрытии отменялись. При действии "Указания Ленина от 1 мая 1919 г." или подобного ему документа это было бы совершенно невозможно."


Вот ещё конкретно о данных фальшивках:

Тезисно о "фальшивках Карпова"

Вброс этих фальшивок начался в 1999, было вброшено 12 "документов": "Генеральное соглашение между НКВД и гестапо" (4 документа, считая приложения), "Расовые инструкции отбора в НКВД" (4 документа), "Записка Берии со статистикой репрессий" (1 документ), "документы" о подготовке перемирия с немцами в феврале 1942 года (2 штуки) + «Указание Ленина о "беспощадном расстреле попов"». Вброс шел через следующие издания: газета "Память", вышедший в 1999 году сборник "Расовый смысл русской идеи" под редакцией Б. Авдеева и депутата А. Савельева, статьи некого Германа Назарова, "Генералиссимус" Карпова (в этой же книге были перепечатаны опубликованные ранее фальшивки). То есть вброс пошел через дремучих националистов, блуждающих в своих фантазиях и адекватно оценивать подлинность документов не способных по определению.
Есть информация, что уже введенными в оборот фальшивками дело не ограничивается: Г. Назаров рассказывал Ю. Мухину, что "в этой папке собраны и приказы Ленина о расстрелах, и доклады врачей о его маразматическом состоянии во время болезни, и доклад Берии Сталину о расстрелах евреев, и доклад Жукова Сталину о нахождении трупа Гитлера". Мухин, сориентировавшись в ситуации, поступил совершенно правильно и послал Назарова с его фальшивками лесом.
А вот журналисты НТВ по этим фальшивкам сделали фильму, которая мне очень нужна. Если кто фильмой располагает, буду очень благодарен.
Кто автор фальшивок - неизвестно.

http://a-dyukov.livejournal.com/177438.html