Тут все-таки надо задумываться о словообразовании. И если В Великобританию, то слово и все ему сопутствующее изначально означало именно страну, а все остальное потом, а может в и перекочевало в наследство от Англии и Британи к своему более длинному синониму.
Мадагаскар же как остров был известен задолго до образования государства, соотвественно и антураж с предлогами у него островной

С Крымом наверное потому что область, а когда говорят Крымский полуостров, то говорят НА.
С Кавказом как и с другими горными массивами -- На урал, на алтай, хотя и в Тибет (но тут скорее потому что Тибет как область рассматривается), и в Альпы (тут я хз почему в)

Но в общем у всех таких оборотв есть причины, они в словообразовании. И в частных случаях, у исключений, причины могут быть индивидуальны, и не подчиняться общему правилу, так как отдельные виды связей исторически сложились -- язык то ведь штука ественная, изменчивая очень.

Но с Украиной все же совершенно четко НА. Хотя я сам давно еще как только все эти разговоры пошли думал мол раз украинцы говорят так, то наверное все-таки "в", потом про происхождение слова Украина мне рассказали и стало понятно, что "в" -- это великоукраинский национализм просто, а по-русски правильно -- "на"